L’origine della Pontificia Università Lateranense risale a Papa Clemente XIV, che riunì il Seminario Romano e la scuola di Teologia del Collegio Romano, affidandone la direzione al clero secolare della diocesi di Roma. Tale nuova “istituzione” (sorta in virtù del Breve Commendatissimam publicarum scholarum del 24 novembre 1773) era sotto l’immediata dipendenza del Papa, che la chiamò “collegio, seminario e università”.
Papa Leone XII, nel 1824, restituendo il Collegio Romano alla Compagnia di Gesù, con il Breve Recolentes animo del 10 aprile volle che le scuole e il seminario continuassero nel palazzo di sant’Apollinare, che divenne così il “Seminario Romano” (per cui fu promulgata la Ordinatio Seminarii Romani). Dotato di indipendenza canonica, aveva la potestà di conferire il grado di Dottore in Sacra Teologia. Nel 1828 venne aggiunto quello in Filosofia.
Nel 1853 Papa Pio IX (con la Bolla Cum Romani Pontifices, del 28 giugno, e il Breve Ad piam doctamque, del 3 ottobre)confermò le Facoltà di S. Teologia e di Filosofia, e istituì le Facoltà di Diritto canonico e di Diritto civile e criminale, con il potere di conferire gradi accademici anche in Utroque Iure. Per Papa Pio IX l’Apollinare era la “sua” Università, tanto che donò ad essa la Biblioteca personale e la incrementò con fondi librari e donazioni.
Papa Leone XIII il 30 luglio 1886 (con la Lettera Apostolica Validis firmisque) fondò l’Istituto di Alta Letteratura (per l’insegnamento delle lettere italiane, latine e greche) e nel 1895 creò la Scuola di Filosofia Superiore.
Quando Pio X fece costruire il Seminario Romano Maggiore sul terreno di proprietà della Sede Apostolica presso l’Arcibasilica Lateranense, vi trasferì anche le Facoltà di Filosofia e S. Teologia. Le Facoltà giuridiche ebbero sede dapprima al Collegio Leoniano, poi dal 1915 passarono a Sant’Apollinare. Però fu stabilito che esse venissero sempre annoverate fra le scuole dello stesso Seminario (Costituzione Apostolica In praecipuis et maximis, del 29 giugno 1913) ed unico fosse il Prefetto degli studi.
Papa Pio XI, che promulgò la Costituzione Apostolica Deus Scientiarum Dominus (24 maggio 1931), volle che l’Ateneo Lateranense fosse il primo ad applicarla (Lettera Apostolica Romanum Seminarium illique adiunctum Athenaeum del 30 settembre 1932, con cui il cardinale Vicario pro tempore dell’Urbe venne nominato Grande Cancelliere). Le Facoltà giuridiche costituirono il Pontificium Institutum Utriusque Iuris. Il 3 novembre 1937 fu inaugurata la nuova sede dell’Ateneo, fatta costruire da Papa Pio XI presso l’Arcibasilica Lateranense, «ut praescripta Const. Ap. Deus Scientiarum Dominus in exemplum uti oportet exsequerentur», dove furono trasferite tutte le Facoltà.
Nel 1958 Papa Pio XII, con la Costituzione Apostolica Ad uberrima vitae pascua, eresse presso l’Ateneo il Pontificio Istituto Pastorale.
Papa Giovanni XXIII, già alunno e docente, con “motu proprio” Cum inde ab aetatis flore (17 maggio 1959) conferì all’Ateneo il titolo di Università.
Nel 1960 fu fondato l’Istituto patristico-medioevale “Giovanni XXIII”, nel 1962 si diede vita alla Cattedra di San Tommaso, nel 1964 fu ricostituito l’Istituto Leoniano di Alta Letteratura.
Papa Paolo VI, visitando l’Università il 31 ottobre 1963, volle ribadire gli stretti legami tra essa e la Curia Romana.
Inoltre, nel 1973, la Congregazione per l’Educazione Cattolica ha eretto, in collegamento con la Facoltà di Teologia, l’Istituto di Scienze Religiose Ecclesia Mater.
Il rapporto strettissimo tra la Pontificia Università Lateranense e il Sommo Pontefice è stato particolarmente sottolineato da Papa Giovanni Paolo II che, durante la sua prima visita il 16 febbraio 1980, nel discorso pronunciato in Aula Magna, parlando a tutte le componenti accademiche disse:
«Voi costituite, a titolo speciale, l’Università del Papa: titolo indubbiamente onorifico, ma per ciò stesso oneroso».
Papa Benedetto XVI, il 21 ottobre 2006, all’arrivo all’Università per inaugurare il nuovo anno accademico, disse:
«Sono felice di essere qui nella “mia” Università, perché questa è l’Università del Vescovo di Roma».
Papa Francesco con la Lettera Il Desiderio di Pace del 12 novembre 2018 ha istituito il Ciclo di studio inter-facoltà e inter-istituto in Scienze della Pace per il conferimento dei relativi gradi accademici a norma della Veritatis gaudium.
…«animato dal desiderio di trasporre in ambito accademico e dotare di metodo scientifico questo patrimonio di valori e di azioni, istituisco presso codesta Pontificia Università, che in modo specifico partecipa alla missione del Vescovo di Roma, un ciclo di studi in Scienze della Pace, quale percorso accademico a cui concorrono gli ambiti teologico, filosofico, giuridico, economico e sociale secondo il criterio della inter- e transdisciplinarità (cfr ibid., 4, c). La struttura curriculare si avvarrà, pertanto, del concorso di insegnamenti impartiti dalle Facoltà e dagli Istituti dell’Università Lateranense per conferire i gradi accademici di Baccellierato e di Licenza a conclusione, rispettivamente, di un primo ciclo triennale e di un biennio di specializzazione. Di fronte a questo compito auspico che, nel quotidiano servizio alla Sede di Pietro, l’intera comunità universitaria della Lateranense – docenti, studenti e personale tutto – si senta coinvolta nel gettare i semi della cultura della pace. Un’opera che inizia con l’ascolto, la professionalità e la dedizione, sempre accompagnate da umiltà, mitezza e volontà di farsi tutto a tutti”].
Papa Francesco, 12 novembre 2018
Con i nuovi Statuti (approvati dalla Congregazione per l’Educazione Cattolica il 21 settembre 2020) sono inseriti nell’Università come Istituti ad instar Facultatis tre Centri di alta specializzazione: l’Accademia Alfonsiana di Teologia Morale, dei Redentoristi, l’Istituto Patristico Augustinianum degli Agostiniani, l’Istituto Claretianum di Teologia della Vita Consacrata dei Claretiani, già incorporati alla Facoltà di Teologia.